Tata pamong program doktor dijalankan berdasarkan; a) Peraturan Menteri Riset,
Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 44 Tahun 2015 tentang Standar Nasional
Pendidikan Tinggi; b) Peraturan Menteri Agama Nomor 13 Tahun 2017 tentang statuta IAIN
Samarinda. Sistem Tata Pamong dilaksanakan secara efektif melalui mekanisme yang
disepakati bersama, sehingga dapat memelihara dan mengakomodasi semua unsur,
fungsi, dan peran setiap unit kerja. Tata pamong dirancang untuk dapat menjamin
terlaksananya lima pilar tata pamong; yaitu kredibel, akuntabel, transparan, bertanggung
jawab dan adil. Sistem dan pelaksanaan tata pamong tersebut dapat mempercepat
terwujudnya pencapaian visi, misi, tujuan, dan sasaran Program Doktor Pendidikan Agama
Islam (PAI). Berbagai upaya telah dilakukan Program Doktor Pendidikan Agama Islam (PAI).
untuk mencapai lima pilar tata pamong tersebut.
Program Doktor Pendidikan Agama Islam (PAI) mengambil peran penting dalam proses
terwujudnya budaya organisasi baik pada level lembaga maupun program studi.
Program studi melaksanakan suatu sistem kepemimpinan bersama untuk terlaksananya
program-program lembaga secara efektif dan berhasil guna. Kepemimpinan bersama
menjamin partisipasi segenap pihak dalam lingkup program studi untuk memberi
kontribusi bagi kelangsungan organisasi. Agar organisasi dapat menjadi sehat, maka
program studi ikut menjamin tegaknya aturan lembaga, terutama terkait dengan
pelaksanaan kegiatan akademik. Program studi ikut memonitoring etika dan kinerja
dosen dan juga mahasiswa. Kontrol tersebut dilaksanakan dengan mengacu pada etika
akademik dosen dan karyawan untuk memastikan bahwa kode etik dan aturan yang
dimiliki oleh lembaga dapat diterapkan secara konsisten.
Untuk melengkapi perangkat kerja, program studi sudah memiliki dokumen job
description (tupoksi), analisis beban kerja dan standar operasional prosedur (SOP)
untuk semua unit kerja di lingkungan Pascasarjana Universitas islam Negeri Sultan Aji
Muhammad Idris Samarinda. Adapun tugas setiap unit pada organisasi dan tata kerja
Program Doktor Pendidikan Agama Islam (PAI) Pascasarjana Universitas Islam Negeri
Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda.